Herbert Haag war Bibelwissenschaftler und sein grösster Opus ist das Bibellexikon, eine Summe kritischer katholischen Exegese im 20. Jahrhundert, die gleichzeitig auch eine Reaktion auf den römischen Antimodernismus darstellt.
In seinen Lebenserinnerungen Mein Weg mit der Kirche schildert er die Öffnung der katholischen Bibelwissenschaft dem kritischen Schriftauslegung und den kirchlichen Aufbruch im und nach dem Zweiten Vatikanischen Konzil.
Mit seinem ewigen Lächeln ist das Werk Abschied vom Teufel verbunden. In diesem Buch setzt er sich auseinander mit dem christlichen Aberglauben und mit der Neigung das Böse in der Welt einem personifiziertem bösem Geistwesen zu Last legen. Der Glaube in Hexen und Dämonen ist nichtchristlich.
In dem letzten Buch Wollte Jesus eine Zwei-Stände-Kirche beschäftigt sich mit den Beziehungen zwischen dem Priesterstand und den Ungeweihten, sowie auch zwischen der Männerkirche und Frauen. Zölibat, Priestermangel und Frauenordination bezeichnen die gegenwärtige Not der katholischen Kirche und sind reif für eine Neugestaltung. Biblisch gesehen, Jesus wollte keine Kirche gründen und wollte auch keine Priesterschaft festsetzen,
Die Gründung der Stiftung „für die Freiheit in der Kirche“ ist die Herbert Haag bestbekannte gesellschaftliche Tatkraft. Stiftung ist in Luzern niedergelassen und das Blatt der Ortsgemeinschaft hat zur diesjährigen Preisverleihung ein Profil von Herbert Haag publiziert 1. Teil, 2. Teil).